其次是過敏反應問題。對于一種食物過敏的人有時還會對一種以前他們不過敏的食物產生過敏，比如：科學家將玉米的某一段基因加入到核桃、小麥和貝類動物的基因中，蛋白質也隨基因加了進去，那么，以前吃玉米過敏的人就可能對這些核桃、小麥和貝類食品過敏。
此外，科學家們認為外來基因會以一種人們當前還不甚了解的方式破壞食物中的營養成分。而當科學家把一個外來基因加入到植物或細菌中去，這個基因會與別的基因連接在一起。人們在食用了這種改良食物后，食物會在人體內將抗藥性基因傳給致病的細菌，使人體產生抗藥性。
在美國，目前有20個左右的州掀起在食品包裝上“標注轉基因”運動。由于20多年來轉基因作物都是由種子公司在推動，因此有關這些公司“轉基因陰謀”的觀點得到認同。孟山都便因為轉基因種子一直遭受詬病。
但值得注意的是，雖然目前在全球范圍內，對轉基因玉米、大豆、棉花等作物的質疑和反對聲不絕于耳，實際上，作為世界農業增產的重要手段，“轉基因化”已成世界農業發展的大勢所趨。即使原先對轉基因作物持強烈反對態度的歐盟，也早已批準種植多種轉基因作物。
“因為受了一些宣傳的影響，民眾可能會產生迷惑。實際上美國從1996年到現在已經推廣了17年，全世界75%的國家都生產、進口了轉基因作物。”中國農業大學教授、中國工程院院士戴景瑞指出，到目前為止沒有任何一個人，沒有任何一個環境受到轉基因食品的危害，少數人把轉基因妖魔化，是不負責任的。
安全性尚無定論
很長時間以來，有很多人在問：“轉基因作物對人體真的安全嗎？”然而，一直以來深陷“有毒”漩渦的轉基因作物，卻無法回答。因為它面臨著一個尷尬現實：安全性始終沒有最終定論。這也使得圍繞轉基因的爭論，一直在繼續。
“沒有一個人因為食用轉基因食品而生病，更沒有人致死。”美國植物細胞生物學家布魯姆瓦爾德表示，人們對轉基因作物安全性的擔心主要出于不了解，認為轉基因屬于非自然的育種方式，存在安全隱患。實際上，動植物在自然狀態下也會出現基因突變，轉基因不過是運用人類之手，有選擇地引導基因變化而已，這只是人類漫長育種史的一個發展階段，今后還會有更先進的育種方式產生。
事實上，國際上一些重要的食品安全相關的組織都認可了轉基因的安全性，譬如說聯合國糧農組織、世界衛生組織、歐盟委員會、美國科學院、美國食品藥品管理局（FDA）都確認轉基因食品的安全性。在轉基因領域科學家看來，轉基因糧食在增產和抗蟲害等方面就有著極大的貢獻。
聯合國糧農組織2011年公布數據顯示，世界市場上82％的棉花和75％的大豆都已經轉基因化。據總部設在美國的國際農業生物技術應用服務組織介紹，自上世紀90年代中期起轉基因作物在全球范圍推廣種植，2011年全球轉基因作物種植面積達到1.6億公頃，包括德國、西班牙等歐盟國家在內的29個國家已批準24種轉基因作物的商業化種植。世界衛生組織2005年發布報告說，國際市場上交易的轉基因作物均經過嚴格審核，在大量實踐中并未發現危害人類生命健康的事例。
據了解，全球至今沒有完全公開轉基因物種的詳細報告，所以大眾對于轉基因食品或者作物都會存在疑慮的心理。食品安全專家董金獅表示，目前中國視同轉基因食品是無害的，“因為在現有的試驗科學條件下，沒有結論證明轉基因食品對人體一定有危害，但也不能證明一定無害，所以視同無害。”
在中央民族大學生命與環境科學學院首席科學家薛達元看來，“轉基因是否有害，說不清楚”。因為一些機構做的一些實驗，說轉基因對健康是有危害的，但是這個報告出來之后，后面總是被否定的。“這里面一種情況就是它真的可能對健康不會有那么大的問題，第二種情況也可能是生物技術公司勢力比較強大，施加了壓力，所以究竟是哪一種沒有辦法區別。”