中國青年報記者在南京大學采訪中，多位教授對周憲教授的學術人品給予了不俗的評價，認為周憲學術做得很好，自我要求比較嚴，做事很認真，對于學術有著高遠志向。有人評價說，“是一名君子型的學者”。有教授則親耳聽到過著名美學家李澤厚先生對他學術造詣的嘉許。
但也有同院的教授評價，周憲是個書生，還是學者意氣，對任何人都不冷不熱，讓人感覺不好接近。
作為周憲教授昔日的導師，董健教授并不避諱對這個得意門生的尖銳批評，他告誡自己的弟子，“周憲你憑學問，可以做得蠻好的。你別去當（校長）助理了，回到系里當教授多好。”
但他同時認為，周憲這次也是制度性缺陷的受害者，“按照國家精品課程評選的要求，你去查那些申報材料，我敢打賭99％以上都有各種不實的情況在里面。”
他認為，國家精品課程是高校資源爭奪和學科地位評估的一項重要內容，但制度設計有問題。“制度把人給改了，而不是人改了制度。精品課程的評估體系也有問題，這是周憲問題產生的背景，他太認同這個體制了，如果對這個體制有點反抗，就不會這樣。”在董健看來，要迎合一個扭曲的規定，就不得不把自己給扭曲一下，這在高校里已經是見怪不怪了。
而同樣的道理，“教務處開證明怎么這么快呢，也是太認同這個體制了”。
對于這個事件如何演繹到了今天的地步，董健教授直言不諱：“方蔚林等人不是為了維護學風，完全是為了泄私憤。一旦離開事件本身，想達到其他目的，就不會有底線。”
董健教授認為，這件事情充分說明中國的教育有問題。這位年過古稀的老人，看多了大學里的怪現狀，多次奮筆疾書，呼吁高等教育體制的改革，“我對大學之魂的歸來，寄希望于教育體制的改革與知識分子精神的重鑄。”