2004年，俄羅斯總統普京修訂《國防法》，重新調整國防部長和總參謀長的關系，把原來《國防法》規定的“國防部長通過國防部和總參謀部隊武裝力量實施指揮”，改為“國防部長通過國防部對武裝力量實施指揮”的原則。同時規定國防部長對總參謀部的活動實施領導。這就意味著，俄羅斯軍隊領導體制中，將領導權集中到國防部長手里，總參謀部被定位為國防部的軍事指揮機關，國防部長和總參謀長某種“平起平坐”的現象不再存在，領導指揮關系得以理順。此后，俄軍高層的矛盾大幅減少。
從2004年開始，俄軍剝離了總參謀部的大部分行政功能，將之交給國防部其他部門負責，實現了國防部與總參謀部之間軍政與軍令系統的適度分離。自此，俄羅斯軍隊的改革才走上了快車道。
適應聯合作戰合并重組軍區，剝奪軍種作戰指揮權
二戰后歷次戰爭證明，戰爭的基本類型已經從世界大戰向局部戰爭和武裝沖突轉變，加之信息和網絡技術的高度發展，客觀上要求軍隊大幅提高指揮效率，建立聯合作戰指揮體制成為各國的普遍做法，同時不斷下移聯合作戰指揮重心。俄羅斯在聯合作戰體制方面探索了近20年，直到2008年的“新面貌”改革才取得突破性進展。
俄羅斯的軍區制由來已久，軍區制的改革是一個繞不開的話題。蘇聯時期，蘇軍曾設立過多達30多個軍區，蘇聯解體后，俄羅斯將其縮減為8個，后又重組為莫斯科、列寧格勒、北高加索、伏爾加河沿岸-烏拉爾、西伯利亞和遠東6個軍區。俄軍原有軍事指揮體制繼承自蘇軍，集作戰指揮和行政管理權于一體，職能和機構重疊，難以適應聯合作戰快速高效的要求。
俄羅斯軍隊一直希望建立類似美軍那樣的戰區聯合作戰指揮體制。在戰役層級，俄軍在1997年就規定了軍區聯合作戰指揮的職能，但由于軍種不肯交出指揮權，建立的戰略-戰役司令部變成了一個有名無實的空架子。相關的改革一直停留在增減軍區數量上，沒能建立具有實質意義的戰區聯合作戰指揮體制。
2008年的俄格戰爭，暴露出俄軍無法有效地組織起黑海艦隊和陸軍以及空軍部隊的戰場協同、聯合指揮效率低下等問題。俄軍因此下定決心對軍區體制進行改造，使之成為戰略方向上的戰略-戰役聯合指揮機構。
俄軍啟動“新面貌”改革后，改革設計者基于此前的改革經驗教訓認識到，軍區體制既不能拋棄，也不能原樣不動，應該依托軍區改造軍區。為此，2010年12月1日，俄軍宣布將原來的6大軍區合并為4大軍區，即西部軍區、東部軍區、南部軍區、中部軍區。此次改革對軍區職能和戰略-戰役指揮關系進行了幾項大刀闊斧的改革：首先，俄軍在軍區司令部基礎上組建聯合戰略司令部；其次，軍種司令部退出作戰指揮鏈，總參謀部和軍種原來涉及的戰區層級指揮權交由軍區負責；另外，修改軍區條例，統一指揮權，從法律上規定聯合戰略司令部，即軍區機關對戰區轄區范圍內陸海空常規力量和其他強力部門部隊實施統一指揮。至此，經過十多年的探索，俄羅斯的戰區聯合作戰指揮體制終于成型。
這次的軍區改革，雖然字面上仍然叫“軍區”，但此“軍區”概念的內涵已不同以往。改革后的每個軍區就是一個戰區，也代表著一個戰略方向，實現了軍區、戰區與戰略方向的統一。軍區轉變為聯合戰略司令部，軍區司令統一指揮戰區內除了戰略核力量以外的所有常規力量，包括空海軍。空海軍司令的作戰指揮權上交到總參謀部，由于陸軍原本就沒有作戰指揮權，故而陸海空三個軍種司令部全部退出作戰指揮鏈，專事“養兵”，也就是負責各類軍事行政業務。
不過，這項讓軍種司令部放權的改革遇到的阻力可想而知，改革設計者為此不惜動用強硬手段。改革中，為了建立以聯合戰略司令部為重心的戰區聯合作戰指揮體制，總統梅德韋杰夫和國防部長謝爾久科夫面對來自軍種的阻力絕不妥協，強行將軍種中央指揮所并入總參謀部，軍種總司令退出作戰指揮鏈。為了確保軍種順利交權，梅德韋杰夫甚至于同一天解除了空軍和海軍總司令的職務，有力地震懾了改革的反對者。