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用計算機揭開化學反應的奧秘

用計算機揭開化學反應的奧秘

2013-10-10 11:32:07

  馬丁·卡普拉斯、邁克爾·萊維特和阿里耶·瓦謝勒,這三位美國科學家由于最早創立復雜化學體系多尺度計算方法并用于研究生物體系獲得重大成果而獲今年諾貝爾化學獎。

  源于對卡普拉斯和瓦謝勒兩位獲獎者的了解,北京大學化學與分子工程學院教授、中科院院士黎樂民接受科技日報記者采訪時說:“盡管這種計算方法現在還有些粗糙,需要繼續向前發展,他們最早提出將經典物理和量子物理中采用的差別很大的兩類研究方法結合起來,具有很強的原創性,對推動復雜生物體系的微觀過程研究起了重要作用。這也表現出他們對科學發展趨勢的思維超前和判斷正確。”黎樂民告訴記者,三位科學家幾十年如一日對科學探索執著追求的精神令人欽佩,他們獲獎是理所應當的。

  長期從事理論化學研究的北京化工大學教授曹維良解釋說,三位大師從宏觀到微觀層面給出了一種描述化學反應的方法,“結合經典物理(宏觀)和量子力學(微觀)方法,將實驗上無法觀測到的化學反應的精細細節,通過計算機模擬的方法描述出來。這種開拓性前所未有,這也意味著化學實驗進入了信息時代。”

  通常意義上,化學反應以光速發生,若以塑料球和小棍建造的分子模型來預測化學反應,無異于天方夜譚。因為,在幾個毫秒之內,電子從一個原子核跳到另一個。經典化學在前進過程中曾有過很艱難的時期,事實上在化學進程中追蹤每一小步反應都十分困難。

  “源于這項研究,科學家得以用計算機揭開化學反應的奧秘。”曹維良稱,借助于該方法在計算機上建模,可以模擬光合作用以及藥物在人體內的過程和作用,人們多年的疑惑因此有望解答,比如如何對抗溫室效應。

  經典物理的優點是計算簡單,可應用于很大的分子。然而,經典物理的弱點是沒有提供模擬化學反應的方法。

  “今年諾貝爾化學獎得主,將兩個物理體系的精華完美結合,并提取了在經典物理和量子物理領域都適用的研究方法。”黎樂民說,要模擬對藥物在人體內如何與靶蛋白進行耦合,計算機會對靶蛋白中能與指定藥物相互作用的原子進行量子理論的計算,大蛋白的其余部分則利用的經典物理方法進行模擬。

  早在1970年代,馬丁·卡普拉斯、邁克爾·萊維特和阿里耶·瓦謝勒奠定了用于了解和預測化學反應歷程的計算機程序的基礎,反映真實情況的計算機模型,如今對化學家而言變得和試管般不可或缺。

  我國在相關領域的研究并不甘人后,用黎樂民院士的話來說,“整體在往前走”。“問題主要不在于我們不懂得基礎的科學原理或者解決問題的能力不夠,我們最重要的差距在于缺乏原創性思維,科研人員頭腦不夠放開,對科學問題深入思考不夠,看國外做什么就跟著做,國外沒做的基本想不到。”他坦言,這與國內現行的科研政策也有關系,大家不敢做看起來比較難、要堅持比較長時間才能發表論文的課題。因為,如果你三五年不發表論文,且不說申請研究項目無望,恐怕連職位都難保。

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