89年初，滾石樂隊正式入圍搖滾名人堂，賈格爾與理查茲在各自發行了個人唱片之后重新聚在一起，推出了全新的專輯《Steel Wheels》，這張回歸之作在英國專輯榜獲得亞軍，美國專輯榜獲得季軍。隨后不久，滾石樂隊舉辦了一次名為“Steel Wheels/Urban Jungle”的大范圍巡演，到訪了北美、日本和歐洲多個國家，這是他們自1982年之后七年來的首次巡回演出。在這次巡演中，為滾石樂隊暖場的嘉賓包括Living Colour樂隊和槍炮美國樂隊(Guns N'Roses)。本次巡演的票房收入共計達到1億4千萬美元。1991年，樂隊發行現場專輯《Flashpoint》，記錄了本次巡演的盛況。與此同時，這次巡演也是貝斯手Bill Wyman跟隨滾石樂隊的最后一次演出，他在多年的深思熟慮之后終于決定離開滾石樂隊，雖然他在93年1月才正式公布這一消息。
九十年代到新世紀：
在Steel Wheels/Urban Jungle巡演成功之后，滾石樂隊暫時進入了休整期，在這期間，鼓手查理-沃茨發行了兩張爵士唱片，吉他手容尼-伍德也發行了自己的第五張個人大碟，這是他11年中的首張專輯。92年下半年，理查茲也發行了自己的第二張個人唱片《Main Offender》，并舉辦了一次小型的個人巡演。同時期，賈格爾也發行了第三張個人大碟《Wandering Spirit》，獲得英國榜第12名和美國榜第11名，首次實現了銷量和評價的雙贏。據統計，賈格爾這張專輯在全球總銷量超過了200萬張，在美國成為金唱片。
在Bill Wyman離隊之后，滾石樂隊的新東家Virgin公司再版了他們從《Sticky Fingers》到《Steel Wheels》的所有錄音室專輯。1993年，滾石樂隊開始準備他們的下一張錄音室專輯，爵士小號大師Miles Davis樂隊的成員Darryl Jones成為了滾石樂隊的新成員。滾石1994年推出的《Voodoo Lounge》在英美兩國的專輯榜中分獲冠亞軍。這張唱片不僅在美國成為雙白金唱片，還被很多評論人評為“傳統主義者的聲音”。在95年的格萊美音樂節上，這張唱片最終拿到了“最佳搖滾專輯獎”。
從94年到95年，滾石舉辦了Voodoo Lounge巡演，這次巡演中滾石演唱的一些歌曲組成了后來的現場大碟《Stripped》，這張主要以原聲樂器為主的現場大碟在英國和美國排行榜中都獲得了第九名的成績。94年9月8日，滾石樂隊在94年MTV音樂錄影帶獎頒獎禮上演唱了《Love Is Strong》和《Start Me Up》，在這次音樂獎中，滾石樂隊被授予了終身成就獎。
滾石樂隊90年代最后一張唱片《Bridges to Babylon》在1997年面世，這張唱片在英國排行榜中獲得第六名，在美國榜獲得季軍。由于有安吉麗娜-朱莉(Angelina Jolie)客串加盟，單曲《Anybody Seen My Baby?》的音樂錄影帶成為MTV和VH1頻道的熱播MV。2001年末，賈格爾發行了第四張個人專輯《Goddess in the Doorway》，在排行榜中成績一般，排在第40名左右。在911恐怖襲擊之后，賈格爾和理查茲參加了“Concert for New York City”慈善演出，表演了《Salt of the Earth》和《Miss You》。
02年，滾石推出雙CD精選集《Forty Licks》，紀念成立40周年。在英國和美國專輯榜中，這張精選集均獲得了亞軍成績。童年，英國著名雜志Q將滾石選為“50支死前必看的樂隊”之一。2004年11月，滾石被選入英國音樂名人堂。
05年7月26日，在賈格爾生日這天，滾石樂隊宣布他們即將發行八年來的首張新專輯《A Bigger Bang》，這張唱片在9月面世之后得到了非常高的評價，在英國和美國榜分別獲得了亞軍和季軍的成績，單曲《Steets of Love》在英國和歐洲多國單曲榜中都進入前15名。從05年8月開始，為了宣傳新專輯，滾石開啟了“A Bigger Bang”巡演，這次巡演分別在北美、南美和亞洲舉辦了多場演出截止2005年年底，本次巡演已經收入1億6200萬美元，打破了他們1994年北美巡演的收入紀錄。06年2月，滾石獻唱超級碗大賽中場秀，此后不久，他們又在里約熱內盧的Copacabana海灘舉辦了一場免費的演出，大約有150萬樂迷到場觀看。