臺灣當局領導人馬英九１０日上午表示，臺灣方面將對菲律賓公務船射殺屏東縣一漁民致死一事追究到底，已要求菲律賓政府就事件正式道歉、緝拿兇手、進行賠償。
臺灣當局涉外事務主管部門官員石定當天上午約見了菲律賓駐臺代表白熙禮。約見結束后，白熙禮稱，事件是一起悲劇，向身亡船員家屬表示抱歉和慰問。菲方執法機構愿與臺灣執法機構對事件進行聯合調查，確定事發地點及開槍原因，如果確有違法行為，菲方將依法進行處置。
隨后，臺灣涉外部門負責人林永樂在記者會上表示，出事海域為臺灣與菲律賓“重疊經濟海域”，沒有達成漁業作業安排。但在任何情況下，菲律賓公務船都不應攻擊臺灣漁船，且造成漁船嚴重受損、船員死亡，菲方對此應負完全責任。目前重點是處理事件，進行搜證、緝兇等后續處理。
據臺灣當局“海岸巡防署”通報，９日上午９時４５分左右，屏東縣琉球籍“廣大興２８號”漁船在鵝鑾鼻東南方１６０多海里處，遭菲律賓漁業和水產局公務船開槍射擊。在漁船全速往東北方向逃離時，菲律賓公務船仍緊追不舍約１小時。事件造成船員洪石成身亡，漁船嚴重受損，船體四周共有３２個彈孔，漁船自動舵液壓油管漏油、ＧＰＳ損壞，失去動力。
據悉，出事漁船上共有４名船員，除６５歲的洪石成外，還有船長洪育智、船員洪介上和一名印尼籍漁工。該船預計１１日４時左右，被拖帶返抵屏東小琉球海域。
事發后，臺“海巡署”９日下午調派海巡船“臺南艦”趕赴現場救援，于當天１８時與“廣大興２８號”漁船會合。
臺“海巡署”１０日還宣布，為維護臺灣漁船在南方“經濟海域”作業安全，每日將增派至２艘大型巡防艦船在該海域巡護，提升機動應急處理能力。