近期，王老吉正在積極申請成立“廣州市王老吉涼茶研究院”，卻引發爭議。據悉，在2014年9月5日由廣州王老吉藥業股份有限公司(以下簡稱“王老吉藥業”)名義向廣州市科技和信息化局申報科研項目的申報材料, 項目名稱為“廣州市王老吉涼茶研究院”,該項目總投資為2.3億元，其中合資企業已投資6100萬元，準備繼續自籌資金1.68億，其余200萬元由政府專項資金撥款。然而對此，作為合資企業王老吉藥業的大股東，同興藥業有限公司表示質疑與反對。
同興藥業表示，依據合資公司章程第61條的規定“下列事項由股東大會以決議通過:……(五)公司年度預算方案、決算方案。”和第101條的規定“董事會行使下列職權：……(六)制訂公司的年度財務預算方案、決算方案。”為此，合資企業申請成立“廣州市王老吉涼茶研究院”所需的過億資金應嚴格按照公司章程的規定提前納入公司年度財務預算方案，報董事會審核、股東大會批準，否則隨意動用公司資金是嚴重侵害公司及股東利益的違法行為。
另外，該筆資金是預算外支出,且金額牽涉巨大,2014年經費為4150萬,2015年為8500萬,2016年為4350萬。如此巨大的研發經費按正常應經過董事會審議,但是該項目投資未經過股東大會、董事會同意，股東同興藥業不知情，董事長未簽字，嚴重違背股東合同、公司章程規定，嚴重違背王老吉藥業股東的利益。
值得注意的是，該項目時限超越了2015年1月25日的合資期限,在合資企業去向未明，且王老吉藥業解散之訴正在廣州中級人民法院通過司法途徑進行之中,這一跨時限的重大投資行為沒有得到股東大會批準，是欠妥和不當之行為。
同興藥業指出，該項目涉嫌利用合資企業到期之際，掏空王老吉藥業資產之行為。雖研發費用是王老吉藥業支付的,然而科研成果卻不會被王老吉藥業所享有。真實的例子就是王老吉藥業幾年前研發的低糖、無糖王老吉飲料和王老吉固體飲料的研發成果現在都被王老吉大健康(紅罐)使用了。
對此行為，同興藥業認為極為可能該資金又將失控,給股東解散之訴乃至2015年1月25日王老吉藥業屆滿清算帶來重大不利影響。
因此，同興藥業明確強調，9月25日同興藥業要求進行司法介入進行查賬的股東知情權訴訟，將要開庭。同興再次重申，無論司法途徑進展如何，同興藥業都堅決要求通過司法途徑進行查賬、保存賬目，維護合資企業資產，且通過查賬，披露賬目真實情況。