1990年4月5日，“東突伊斯蘭黨”恐怖分子在新疆阿克陶縣巴仁鄉劫持10名人質要挾政府，并在交通要道炸毀2輛汽車，殺害6名武警官兵。
1991年2月28日，“東突”恐怖組織在新疆阿克蘇地區庫車縣客運站錄像廳制造爆炸案，造成1人死亡，13人受傷。同日，恐怖分子還在庫車縣城一商店內安置了炸彈，爆炸未遂。
1992年2月5日，“伊斯蘭改革者黨”在烏魯木齊市52路、30路公共汽車上制造了兩起爆炸事件，兩輛公共汽車被炸毀，造成3人喪生、23人受傷。同時還在一影劇院和居民住宅樓中各安置了一枚定時炸彈，幸被及時發現排除。
1993年6月17日，“東土耳其斯坦民主伊斯蘭黨”在喀什市地區農機公司辦公樓制造爆炸案，造成大樓坍塌，2人喪生、7人受傷；8月1日該組織又在喀什地區莎車縣外貿公司錄像廳制造爆炸案，造成15人受傷；8月19日在和田市文化宮制造爆炸案，造成6人受傷。
1993年8月24日，兩名“東突”恐怖分子將喀什地區葉城縣政協常委、大清真寺主持阿不力孜大毛拉刺成重傷。
1996年3月22日，2名恐怖分子槍殺阿克蘇地區新和縣伊協副主席、清真寺副主持阿克木司地克阿吉。
1996年4月29日凌晨，十余名全副武裝的恐怖分子闖入庫車縣阿拉哈格鄉庫納斯村，向全國政協委員、自治區人大代表卡吾力·托卡家投擲了2枚炸彈，致卡及其妻重傷，并將卡的弟弟、弟媳、兒子、兒媳殺死；該村村干部加如甫買買提明也被刺成重傷。
1996年5月12日，“東突”恐怖組織4名恐怖分子在全國伊斯蘭教協會常委、新疆政協副主席、喀什伊協主席阿榮汗阿吉和其兒子去艾提尕清真寺做禮拜的途中，對其進行襲擊，阿和兒子均致重傷。
1996年7月，“東土耳其斯坦伊斯蘭正義黨”策劃沙雅縣監獄暴動，導致15人死亡。
1996年8月27日，6名恐怖分子襲擊葉城縣江格勒斯鄉政府，殺死副鄉長和值班的警察；隨后又闖入該鄉一村，殺害3名治安員和1名水管員。
1997年2月5日至8日，“東突伊斯蘭真主黨”恐怖組織策劃、制造了伊寧騷亂事件，恐怖分子高喊“建立伊斯蘭王國”等口號，襲擊平民，搗毀商店，燒砸汽車，致使7人死亡，200多人受傷，30多輛車遭毀壞，多間民房被毀。
1997年2月25日， “東土耳其斯坦民族團結聯盟”在烏魯木齊市2路、10路、44路公共汽車上制造爆炸，造成三輛公共汽車被炸毀，9人喪生、68人重傷。
1997年3月，境外“東突”恐怖分子開槍襲擊中國駐土耳其使館，沖擊中國駐伊斯坦布爾總領館，焚燒中國總領館懸掛的國旗。
1997年3月23日，“東突”恐怖分子闖入阿克蘇地區金銀川墾區負責人艾買爾江家中，將艾買爾江夫婦兩人殺害。
1997年6月4日，4名“東突”恐怖分子闖入和田地區墨玉縣恰其克鄉荒地村干部買買提肉孜·買買提家，將其殺害。
1997年7月3日，“東突”恐怖分子闖入阿瓦提縣拜什力克鄉村干部吐爾地尼牙孜家中，吐夫婦被殺身亡。
1997年11月6日，“東突”恐怖組織在全國和新疆伊協委員、阿克蘇伊協主席、拜城縣清真寺主持尤努斯·斯迪克大毛拉去清真寺做禮拜的途中，將其槍殺。
1998年1月27日，“東突”恐怖分子槍殺葉城縣政協常委、縣大清真寺主持阿不力孜阿吉。
1998年1月30日至2月18日，“東突解放組織”在喀什市制造了23起系列投毒案，致4人中毒，其中1人死亡，數以千計的牲畜中毒或死亡。
1998年2月22日至3月30日，“東突”恐怖組織在喀什地區葉城縣連續制造了6起系列爆炸案，造成3人受傷，天然氣輸送管道被炸壞引起大火，直接經濟損失超過100萬元。