機關科室：
1 辦公室 ：
檢查是職能分工 ： 負責行業黨風廉政建設、紀檢信訪舉報、黨委日常辦公和黨建黨務、班子調整、干部選撥任用監督與行風建設等工作。對口時監察局、廳監察室、聯系市直機關工委。
局辦公室職能分工：負責全局政務、人事、財務、勞資、職改、安全保衛等工作；負責年度目標責任考核、政務信息的審核把關和對外發布；具體負責文秘、公文管理、辦公自動化、機要、保密、檔案、局機關財務、精神文明建設、資產管理、老干部、信訪、后勤接待、車輛管理及事務性管理工作；負責統一協調辦理全局督辦、人大議案、政協提案的辦理工作。負責政務工開、電子政務、信息宣傳、文明單位創建、黨組日常辦公。對口市委辦、市政府辦、市文明辦、廳辦公室、人教處、宣傳處、公安處、信息宣傳中心。
2 防汛抗旱：負責組織、協調、監督、指導全市河道、受苦管理及沙石管理費征收上解工作；貶值病險水庫治理規劃，負責除險加固項目建議書、可行性研究報告及初步設計方案的初審及建設管理和指導，負責工程建設管理工作；貫徹實施國家關于防汛、抗旱等方面的法律法規；擬定全市防汛抗旱工作的長遠規劃和實施計劃；組織、協調、監督、指導全市防汛抗旱減災工作；組織編制商州城區度汛預案、審查縣區城市度汛預案、審批水庫、江河、集鎮度汛預案；審查堤防工程、水毀工程建設計劃、項目建議書及可行性研究報告，并負責建設管理和指導；編制防汛通訊網絡規劃，負責組織實施和管理工作；參與審查全市河道、堤防工程的規劃、水庫治理、除險加固工程計劃、項目建議書、可行性研究報告、初步設計；指導縣區防汛抗旱辦公室工作，負責汛期值班，做好全市水情、汛情、雨情、旱情等信息的收集、分析、傳遞和管理；爭取和管理防汛抗旱資金；負責水務信息等網絡管理工作。對口省防總辦、河庫處、信息中心、水文局。
3 河庫處職能分工:負責商洛市規劃城區段河流及各支溝河道入匯口段500米內的開發、利用、保護工作；負責組織、協調、管理市區河道、二龍山水庫管理區內的砂石開采管理工作；及時調解和處理河道、水庫管轄范圍內水事糾紛和組織實施河道、水庫、堤防的綠化美化工作；負責全市水庫移民工作；重點負責丹江河道城區段橡膠壩及水面、樹木、護欄、路燈等設施和二龍山水庫的管理、二龍二級電站、二龍東渠灌溉總站、丹江河道管理站四個單位的管理工作。對口廳河庫處、移民辦。
4 水管科職能分工:統籌負責水務系統各項改革工作，研究提出改革的意見和建議；負責基層水務服務體系建設和灌溉工程建后管理；聯系農業綜合開發中的水務工作。對口廳體改辦、農水處。
5 水資辦（節約用水管理辦公室）職能分工:負責全市水資源管理、配置、節約和保護工作。組織指導水資源調查、評價和監測工作，組織編制水資源專業規劃并監督實施；組織實施全市水資源論證審查工作，依法征收管理水資源費；指導水資源信息發布，組織編制我市水資源公報和水質旬報。負責全市水資源優化配置工作，組織指導全市計劃用水、節約用水、城鄉供水的水源規劃及縣城自來水公司日常業務管理工作。組織編制水資源保護規劃，組織審定江河湖庫納污能力，提出限制排污總量的意見；負責全市及省界水質監督、監測和入河排污口設置管理工作。組織指導全市地下水資源開發利用和保護工作。對口廳水資源與科技管理處、省地下水管理監測局。
6 農村水利
水電辦職能分工：負責全市水能資源的規劃、開發與水電建設管理工作；負責小水電以電代燃料工作。在計劃科的協調下開展工作。對口廳水電處。
飲水辦職能分工：負責全市農村飲水工程項目規劃、年度計劃編制、項目審查、審批等前期管理及建設管理工作,承擔農村供水各類信息報送，負責縣城供水工程建設。對口廳供水處。