在達爾文的《物種起源》里，微生物是被忽視的群體——在物種進化的大戲中，它們也許連“龍套”都不算。然而，最近有科學家卻認為，微生物也許不只是竊取營養的“小偷”，在物種進化過程中，這些與動植物共生的“小東西”扮演著出乎我們預料的重要角色。“主角”還是“龍套”？這場爭論仍在進行中……
挑戰 動植物+微生物 自然選擇的基本單元
上世紀80年代，理查德·杰斐遜發現了一件讓他震驚的事——人類體內的微生物在某些關鍵進程中扮演著關鍵角色。例如，多達65%的睪丸素的循環過程可能與微生物有關。睪丸素是人體內重要的雄性激素，這也就意味著，微生物會影響我們體內的性激素水平。還有研究發現，微生物在“塑造”我們體味的過程中起著重要作用——它是產生微小芳香分子的關鍵之一。盡管體味是否影響人類的擇偶在科學界還存有爭議，但在某些動物身上，它們確實發揮著作用。
杰斐遜據此指出：“生育、繁殖和擇偶，達爾文自然選擇中的‘三駕馬車’，全都受到微生物的影響。”這或許意味著，動植物能不能成功繁衍后代，部分取決于生活在它們身上的獨特的微生物組合。
杰斐遜得出這樣的結論：微生物在進化過程中非常重要，因此，科學家們應該把動植物跟寄生于其上的微生物看成一個整體，并稱之為“功能單元”。“這個單元由許多個體基因組構成，有時甚至上千，其中的組合及數目還在不斷變化。”杰斐遜主張，這種功能單元才是自然選擇的基本單元，并進一步提出“全基因組”的演化理論。
支持 微生物也是進化的“主角”
無獨有偶，以色列特拉維夫大學的微生物學家尤金·羅森伯格也在研究地中海東岸的珊瑚時，得到了相似結論。
他發現，這里的珊瑚曾感染希利氏弧菌，并觸發了白化。但經過一段時間后，珊瑚卻恢復原樣，沒有大面積白化。這使他意識到，如果微生物的變化能夠讓珊瑚抵御感染，并且代代相傳，那么盡管這些珊瑚的基因組并沒有發生任何改變，但它們還是進化出了抵御白化的能力。這說明一種生物能否存活，或者說能否適應變化，起決定性作用的往往不只是它自己的基因，還有它能夠繼承的那些微生物群落。
羅森伯格也提出，把生物跟寄生于其上的菌群分開，只是為了研究方便而采用的一種人為方式。他說，在自然選擇的眼中，宿主基因組和微生物基因組是一個整體，它們才是自然選擇的對象。羅森伯格因此預言：大多數動物會從上一代身上繼承基本相同的微生物，親緣關系較近的物種也會擁有親緣關系較近的微生物。
這些觀點得到了一些微生物學家的支持。美國范德比爾特大學的微生物生態學家塞思·波登斯坦也認為，在生物進化的研究中，“應該研究使這個整體發揮功能的全部遺傳信息才對。”
在最近的一項研究中，波登斯坦的研究團隊用抗生素“利福平”殺死了白蟻體內的某些微生物。他們發現，與未用抗生素的白蟻相比，用過抗生素的白蟻產下的后代數量要少得多。他們推測，原因應該是腸道菌群被抗生素破壞，從而降低了這類白蟻從食物中獲取營養的能力。波登斯坦還發現，在金小蜂中，演化親緣關系越近的蜂種，體內的微生物群落也更相似——這完全符合羅森伯格的預言。
反對 “龍套”就是“龍套”
如果這一理論被驗證，那么對物種進化而言，這就不僅僅是一種非常有趣的可能性，整個理論也可能被修改。然而，演化生物學界的大多數科學家，依然對此持否定態度。