2月19日，西勘院與凱奇萊公司簽訂合同，共同確定探礦權價值1500萬元。礦業勘探分為普查、詳查、精查三個階段，當時西勘院已獨立投資做完普查，因此合同約定，先由凱奇萊公司向西勘院支付1200萬元，獲取普查成果80％的權益。在此基礎上，西勘院與凱奇萊雙方按二八比例出資進行詳查、精查，并以此比例分享后續收益。對雙方取得的勘查成果，由雙方按所占權益比例成立公司聯合開發，或由雙方協商，西勘院將所占權益轉讓給凱奇萊公司，由后者獨自開發。
據陜西省方面事后調查認定，在簽訂合同之時，已是21次會議紀要出臺的半年以后，雙方都清楚，這與省政府文件“無下游轉化項目，不得轉讓探礦權”的精神相悖，于是達成默契，將合同日期倒簽至紀要出臺前的2003年8月25日。
此外，這份合同屬于孤本合同，僅用于報省國土廳備案，除此以外，雙方均無合同原件。
這份合同在規范性上存在的兩處瑕疵，為合同糾紛預埋了伏筆。在日后的庭審質證和協調善后中，西勘院與陜西省政府均據此認為，這僅僅是一份讓趙發琦跑項目的虛假合同，而非合作勘查的正式合同。但凱奇萊公司對此認定持有異議。
此外，凱奇萊公司的注冊資金也存在問題。由于公司注冊時是委托代辦，代理人在1200萬元注冊資金的來源上造假。在礦爭的重審達到白熱化之際，此事被舉報。2010年8月，榆林市工商局對其處以罰款5萬元的行政處罰，但該處罰隨即被省工商局發文撤銷。該案進入刑事領域，公司法人代表趙發琦遭通緝，后被抓捕。
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勘查合同的簽訂，只是一系列手續的開始。根據《礦產資源勘查區塊登記管理辦法》（國務院第240號令）規定，不設立合作、合資法人勘查或開采礦產資源的，在簽訂合作或合資合同后，應當將相應的合同向登記管理機關備案。
因此在2004年3月，探礦權人西勘院按規定將合同送至省國土廳備案。8月16日，省國土廳原則性同意備案，但要求除合同文本外，西勘院還須提交雙方認可的探礦權評估報告、據21次會議紀要要求的省發改委同意立項的申請文件，以便正式辦理備案手續。
但直至2005年3月，省國土廳仍未收到這些文件。3月25日，西勘院致函凱奇萊公司，由于與21次會議紀要的有關政策不一致，故無法履行合同，隨后退回了凱奇萊公司早前支付的1200萬元合同款。
凱奇萊公司接此函告后，第一時間致信省政府主要領導，表示無法接受西勘院單方面中止合同，請求主持公道。省政府辦公廳審查了該項目的手續，并得到省發改委“合作勘查無須進行項目審批”的回復，由此匯報，“法規政策的規定未對該合同的履行構成實質性障礙”。領導就此批示，“轉省國土廳研究處理”。
奉命協調此事的省國土廳認為，此次合作勘查符合國家法律、法規的要求，凱奇萊公司愿意承擔風險，也愿意按照省政府有關規定進行合作勘查，應予同意。由于當時普查、詳查已做完，作為探礦權人，西勘院須將精查工作的設計報至該廳備案。雙方對此均簽字表示同意。此后，省國土廳于2005年11月8日正式印發“65號文”予以確認。在協調期間，凱奇萊公司先期向西勘院支付了900萬元合同款。
未料形勢陡轉，在“65號文”下發一周后的11月15日，省國土廳接到省政府辦公廳轉來的一份報告，上報者為中國化學工程集團公司（下稱中化工程）、香港益業投資集團有限公司（下稱香港益業），兩家公司要求參與波羅井田的勘查。
圍繞波羅井田探礦權的另一條運作線路，至此浮出水面：
2004年11月，在香港陜西省招商經洽會上，中化工程、香港益業與榆林市政府簽訂了陜北能源化工基地榆橫240萬噸甲醇MTO項目合作協議，涉及的投資額達150億元。