2005年1月26日，兩家公司又與陜西省政府簽訂了合作協議。隨后，兩家公司開始投入各類前期工作。同年10月10日，省發改委下發批文，明確“該項目的配套井田為波羅井田，面積339.2平方公里，地質儲量15.68億噸，可開采量10.98億噸”。
此時波羅井田的探礦權，已不再僅僅是一個“賭博”的機會。隨著詳查結果于當年8月出爐，探礦權的價值由普查階段的1500萬元，已飆升至以10億元計。
省國土廳在接到兩家公司報告的九天后，即2005年11月24日，印發“90號文”，并未就探礦權的歸屬做出明確表態，向上級請示的意味明顯。面對爭奪探礦權的雙方，分管省國土廳的副省長在“90號文”上批示，“按照省政府的明確要求，陜北的煤炭資源委托地勘和煤勘部門代表省政府進行普查和詳查，然后根據‘三個轉化’原則，經過評估轉讓給省政府所明確的轉化項目開發主體進行精查和開發。所以，西勘院與凱奇萊公司聯合勘查并不影響中化集團的資源精查和項目開發，所影響的僅是勘查資料評估收益在西勘院和凱奇萊之間如何分享。”
他要求，“現在當務之急是明確評估轉讓，由開發主體進入精查和項目啟動。”
一審與重審
但探礦權被給予其他公司，直接導致西勘院無法履行與凱奇萊公司的合作勘查合同。凱奇萊公司因此以違約為由，將西勘院訴至陜西省高級法院，請求判定后者履行合同。
2006年10月，陜西省高級法院一審判決，雙方的合作勘查合同有效，繼續履行；西勘院支付凱奇萊公司2760萬元違約金；西勘院將探礦權轉移到凱奇萊公司名下。
西勘院不服判決，上訴至最高法院。該案雖屬民事糾紛，但由于專業性強，既有市場成分，又涉及到行政審批，最高法院對此極為重視，主審法官曾赴西安約陜西省國土廳、省發改委、省地勘局等部門座談了解案情，還曾主動邀請陜西省政府派員來北京座談。
隨后，陜西省政府應最高法院要求，致函最高法院報告該省對于此案的意見。在這份報告中，省政府首次就審批程序問題做了解釋。
陜西省政府認為，凱奇萊公司與西勘院簽署的合同屬于無效合同，原因在于，合作合同必須完成備案手續方能生效。雖然省國土廳曾出具同意雙方合作勘查的協調意見（即“65號文”），但由于凱奇萊公司沒有落實轉化項目，省政府并未批復同意該協調意見，雙方也未按照協調意見向省國土廳上報精查階段的備案資料。
據此，省政府認為，備案手續并未實際完成。
報告末尾，陜西省政府“請求最高法院以事實為依據，以法律為準繩，充分考慮和重視陜西來之不易的良好發展大局，作出公正判決”。顯然陜西省擔心，若一審判決生效，將可能形成仿效效應，對已形成的煤礦開發秩序造成影響。
了解完上述情況后，最高法院于2009年11月作出二審裁定，原審判決認定事實不清，發回重審。
在雙方的合作勘查合同里，已涉及到勘查成果的轉讓條款。在一審判決中，西勘院須將探礦權轉移至凱奇萊公司名下，即是履行此條款。
對此，在接受最高法院辦案法官詢問時，時任省地勘院院長樊晶表示，“合同內有轉讓的內容，涉及與現行法規相悖的問題。”據國務院《礦產資源管理辦法》規定，“經依法批準，可以將探礦權轉讓他人。”時任省國土廳助理巡視員魯學恭表示，“轉讓要有探礦權轉讓的批復。”
省高級法院在重審中認為，雙方的合作勘查合同，名義上是合作勘查煤炭資源，實質上是探礦權轉讓，這一點在訴訟過程中也得到了原被告雙方的確認。既然如此，那么就應按照相關法律法規的規定，雙方向審批管理機關提出探礦權轉讓申請，待審批后方可履行合同。但雙方只是將所簽合同報送省國土廳備案，并未完成備案。